Neziskové organizace stejně jako ostatní právnické osoby jsou povinny udržovat svůj zápis ve veřejném rejstříku v aktuální podobě. Při aplikaci § 11 zákona č.304/2013 Sb., o veřejných rejstřících právnických a fyzických osob (ZVR) musí právnická osoba podat návrh na změnu zápisu bez zbytečného odkladu po vzniku rozhodné skutečnosti. Rozhodnou skutečností může být např. rozhodnutí o změně účelu právnické osoby, rozhodnutí o změně sídla, skončení funkčního období člena orgánu a jmenování nového člena resp. znovujmenování téže osoby.

Udržování zápisu právnické osoby v podobě odpovídající skutečnosti není pouze plněním zákonné povinnosti, ale stále častěji i nutnou podmínkou poskytovatelů dotací z veřejných rozpočtů pro poskytnutí dotace. Nedodržení povinností vůči veřejnému rejstříku může být ze strany soudu sankcionováno uložením pořádkové pokuty.

Spolek

Spolky, které vznikly před 1.1.2014, měly v souladu s §123 ZVR povinnost do 1.1.2017 doplnit do spolkového rejstříku obligatorně zapisované údaje tj. účel spolku, název nejvyššího orgánu, název statutárního orgánu, počet členů statutárního orgánu a jednotlivé členy statutárního orgánu s určením data vzniku členství a popř. data vzniku funkce (předseda, místopředseda apod.) u každého z členů, tytéž údaje u kontrolního orgánu a rozhodčí komise, jsou-li podle stanov zřízeny, způsob jednání statutárního orgánu za spolek, předmět vedlejší hospodářské činnosti, je-li vykonávána. Spolek, který má pobočné spolky, měl uvedené údaje doplnit do spolkového rejstříku u všech svých pobočných spolků. Tuto svou zákonnou povinnost k 1.1.2018 nesplnily tisíce spolků. Může se jednat o spolky již neexistující, ale i o spolky, které na své povinnosti rezignovaly nebo o ní prostě nevědí.

Největší nedostatky v zápisech spolků jsou v zápisech členů statutárního orgánu. Spolek musí rozlišit, zda je statutární orgán individuální – jedna osoba nebo kolektivní – více osob tedy alespoň dvě. Je-li orgán kolektivní, zapisují se do spolkového rejstříku všichni jeho členové, nepostačí pouze zápis předsedy. Do rejstříku se zapíše datum vzniku členství tj. datum, k němuž byl člen jmenován nebo zvolen. Po skončení funkčního období se do spolkového rejstříku zapíše datum zániku členství. Je-li tatáž osoba jmenována nebo zvolena znovu na další funkční období, musí být provedena změna zápisu – osoba se z rejstříku vymaže s datem ukončení členství dnem uplynutí funkčního období a zapíše se znovu jako člen s datem vzniku nového členství. Délka funkčního období statutárního orgánu je určena stanovami nebo je podle §246 OZ pětileté.

Nadace a nadační fond

Na rozdíl od úpravy zákona č.227/1997 Sb., o nadacích a nadačních fondech a o změně a doplnění některých souvisejících zákonů (ZNNF) se do nadačního rejstříku zapisují počet členů správní rady a počet členů kontrolního orgánu (dozorčí rada nebo revizor), změny ve složení správní rady a kontrolního orgánu nadace nebo nadačního fondu. U nadace se zapisuje pouze nadační kapitál, skladba nadační jistiny (podle ZNNF nadačního jmění) již skutečností zapisovanou do nadačního rejstříku není.

Do rejstříku se zapíše datum vzniku členství tj. datum, k němuž byl každý člen správní rady, dozorčí rady nebo revizor zvolen nebo jmenován. Po skončení funkčního období se do nadačního rejstříku zapíše datum zániku členství. Je-li tatáž osoba zvolena nebo jmenována znovu na další funkční období, musí být provedena změna zápisu – osoba se z rejstříku vymaže s datem ukončení členství dnem uplynutí funkčního období a zapíše se znovu jako člen s datem vzniku nového členství. Obdobně se zapisuje i funkce člena správní rady nebo dozorčí rady např. předseda, místopředseda. Funkční období členů správní rady nebo dozorčí rady je stanoveno nadační listinou nebo je podle §364 OZ pětileté.

Obecně prospěšná společnost

Oproti údajům zapisovaným do rejstříku podle zákona č.248/1995 Sb., o obecně prospěšných společnostech a o změně a doplnění některých zákonů se do rejstříku obecně prospěšných společností zapisuje počet členů správní rady a dozorčí rady a den vzniku a zániku členství každého člena správní rady a dozorčí rady a popř. funkce (předseda, místopředseda), totožně jako u nadace a nadačního fondu. U obecně prospěšných společností je tříleté funkční období stanoveno zákonem, bez možnosti tuto délku měnit.

Ústav

Do rejstříku ústavů se zapisuje předmět činnosti ústavu, předmět podnikání, je-li vykonáváno, ředitel, počet členů správní rady a dozorčí rady, jednotliví členové správní rady a členové dozorčí rady nebo revizor, den vzniku a zániku funkce každého člena správní rady, dozorčí rady nebo revizora včetně znovuzvolení členů v rejstříku zapsaných členů orgánů.

Funkční období členů správní rady není-li určeno zakladatelským právním jednáním ústavu, je ze zákona tříleté. Funkční období dozorčí rady nebo revizora, není-li určeno zakladatelským právním jednáním, je pětileté.

Společné

U všech shora uvedených typů právnických osob se při podání návrhu na změnu zápisu členů statutárního orgánu soudu dokládá podle §12 ZVR souhlas zapisované (znovu zapisované osoby) s provedením zápisu, s výjimkou případu, kdy je souhlas patrný z jiných k návrhu k soudu dokládaných listin např. ze zápisu z jednání členské schůze. Dále je nutné doložit prohlášení o tom, že k zápisu navrhovaný člen orgánu splňuje podmínky pro členství osoby v orgánu příslušné právnické osoby. Souhlas i prohlášení musí být opatřeny ověřeným podpisem.

Provedení jmenování či volby zapisovaných členů orgánů je nutné rejstříkovému soudu doložit odpovídajícími listinami – jmenovacími dekrety, zápisy z jednání orgánu, který členy orgánu volil. U zápisu z jednání orgánu musí být patrné, že orgán byl usnášeníschopný a rozhodl usnášeníschopnou většinou. Ačkoliv není stanovena zákonná povinnost doložit soudu prezenční listinu z jednání rozhodujícího orgánu, rejstříkové soudy jejich předložení obvykle požadují.